Quando uma pasta é aberta no Atom, o plugin fuzzy-finder indexa automaticamente todo seu conteúdo para utilizar na busca de arquivos (ctrl+t). Legal, exceto quando o diretório em questão é sua pasta de usuário, caminho padrão quando o editor é aberto.

A solução foi iniciar um repositório git na home e criar um arquivo .gitignore com um caracter asterisco, para o fuzzy-finder ignorar todo o conteúdo da pasta:

$ git init ~
$ echo '*' > ~/.gitignore

Como o editor não abre o último projeto utilizado por padrão, uma dica é abri-lo diretamente na pasta do projeto utilizando o terminal.